DNA 작업에 비해 RNA 작업은 어렵고 신경 써야 할 부분이 많습니다. DNA는 매우 안정적이고 단단한 반면, RNA의 화학 구조는 가수분해되기 쉬운 경향이 있어 안정성이 훨씬 떨어집니다. DNA와 RNA는 모두 nuclease에 의해 분해될 수 있지만 RNase 효소는 매우 안정적이고 변성 후 쉽게 다시 접히므로 영구적으로 비활성화기 어렵습니다. RNase는 신체의 바이러스 방어 시스템의 일부로 피부, 모발 및 타액으로 분비되어 실험 샘플을 쉽게 오염시키고 연구자에게 문제를 일으킬 수 있습니다. DNA를 정량화하고 시각화하기 위한 형광 기반 시약이 많은 반면 RNA 정량 시약은 낮은 민감도와 특이성으로 인해 그리 많지 않습니다. 이 tech tip에서는 RNA 샘플을 쉽게 분리하고 분석하는 데 도움이 되는 툴을 소개합니다. 1. RNA 다루기   RNA가 오염되지 않게 하기 위해서는 우선 개인보호장비 (PPE, personal protective equipment)를 잘 갖추는 것로부터 시작합니다. RNA 작업시, 장갑으로 무엇을 만지고 있는지 항상 인식하고 있어야 합니다. RNase가 피부에서 장갑으로 옮겨갈 수 있으므로 얼굴이나 머리카락을 만지지 말아야 하고 깨끗하지 않은 장비나 표면을 만진 경우 장갑을 교체해야 합니다. 특히 pure RNA 샘플을 핸들링하기 전에는 항상 새 장갑을 끼는 것이 좋습니다.  RNA 작업을 시작하기 전에 벤치탑, 피펫 및 사용할 기타 장비를 포함하여 작업 공간의 오염을 제거하는 것이 좋습니다. 이러한 표면에 RNase-X™ 오염 제거 용액을 분사하고 닦은 다음 dH2O 또는 70% 에탄올을 분사하고 다시 닦는 방식으로 표면을 청소합니다. RNase Removal Reagent 보러가기 RNA 작업에 사용할 튜브, 팁, 물, 버퍼 및 시약은 RNase가 없어야 합니다. 인증된 RNase-free 제품(예: Water, Ultrapure Molecular Biology Grade)은 시중에서 쉽게 구할...

DNA, RNA 및 단백질등의 바이오마커는 기본 세포 기능을 이해하고 임상 질환을 진단하며 최적의 치료법을 식별하기 위한 강력한 도구입니다. 특히, RNA는 유기체에서 발생하는 동적 유전자 발현 변화를 확인하는 이상적인 지표입니다.  ACD사에서는 손상되지 않은 조직 내 단일 세포 수준의 in situ 유전자 발현을 포착하는 ISH 분석서비스를 제공합니다. 이 방법은 세포 간 상호 작용을 더 잘 이해하기 위해 형태학적 맥락에서 분자를 검출합니다.  RNAscope ISH 분석은 특허받은 신호 증폭 및 백그라운드 신호 억제 기술을 기반으로 하며 기존 RNA ISH에 비해 특이성과 민감도가 크게 향상됩니다. 가장 대표적인 RNAscope ISH 분석 사례를 소개합니다. 1. Single Cell Analysis 단일 세포 RNA 시퀀싱(scRNA-Seq)으로 개별 세포의 전사체 프로필을 특성화하는 것은 알려진 세포 유형과 새로운 세포 유형을 식별하고 조직 구조와 기능을 이해하는 보편적인 도구가 되어 단일 세포 생물학의 새로운 시대를 열었습니다. 이는 특히 포유류 뇌 및 종양과 같이 세포 이질성이 높은 복잡한 기관 및 조직에서 사실임이 입증되었습니다. 그러나 scRNA-Seq는 분리된 세포를 활용하므로 분석 중인 세포 집단의 공간 조직이 손실됩니다. 따라서 단일 세포 및 공간적 유전자 발현 모두를 시각적으로 확인하기 위해 RNA in situ hybridization(ISH)과 같은 방법으로 scRNA-seq 분석을 보완하는 것이 필수적입니다. RNAscope Assay는 강력하고 특이성이 높으며 민감한 멀티플렉스 RNA ISH assay로, 높은 처리량의 단일 세포 전사체 결과를 시각화할 수 있습니다. 단일 세포 수준에서 최대 4개의 특정 마커를 이용하여 최대 4개의 다중분석을 수행할 수 있습니다 (IHC와 결합 가능). 이러한 분석을 통해 단일 세포 내의 개별 유전자 및 유전자 시그니처 발현 프로필을 시각적으로 확인할 수 있으므로 전사 결과를 검...

RNA-Seq, cDNA Synthesis, RT-PCR, Microarrays 등 RNA 실험 결과를 향상시키기 위한 툴을 소개합니다. 1. EMBER500으로 RNA evaluation EtBr로 RNA를 염색하려면 상당한 양의 RNA가 필요하고 민감도에 있어서도 한계가 있습니다. EMBER500은 RNA gel 염색시 EtBr보다 민감하고 밝은 시그널을 제공하여 적은양의 RNA로도 RNA 분해 및 DNA 오염에 대한 확인이 신속하게 진행됩니다.  EMBER500™ RNA Prestain Loading Dye 보러가기 2. AccuBlue로 RNA 정량 AccuBlue® Broad Range RNA Quantitation Kit는 뛰어난 정확도, 감도 및 RNA 선택성과 넓은 linear range(5ng–1000ng RNA)를 제공하여, NGS(Next-Gen Sequencing) 또는 RT-PCR(역전사 PCR)과 같은 민감한 응용 분야에서 RNA를 정량화하는 데 이상적입니다. 흡광도 기반 측정과 달리 AccuBlue® RNA Quantitation Kit는 이중 가닥 DNA보다 단일 가닥 RNA에 대해 선택성이 높습니다. 또한 miRNA와 같은 짧은 ssRNA를 정확하게 정량화할 수 있으며 이중 가닥 RNA에서 매우 낮은 신호를 보여줍니다. 포유류 세포 RNA의 정확한 정량을 위해 포유류 RNA standard가 포함되어 있습니다. AccuBlue® Broad Range RNA Quantitation Kit 보러가기 3. RNAstorm kit으로 FFPE 조직, Fresh cell, tissue에서 RNA 추출 생검 및 수술로부터 얻은 검체는 포르말린에 고정후 파라핀으로 포매시켜 (Formalin-fixed paraffin embedded, FFPE) 보존합니다. 포름알데하이드(formaldehyde)는 조직을 안정화하여 보관이나 절편을 용이하게 하지만, 샘플 내 핵산과 crosslink되어 많은 부산물을 생성하기도 합니다. 이러한 ...