더욱 향상된 새버전 CUT&Tag 출시! 무엇이 달라졌을까?
CUT&Tag 기술은 항체로 표지된 chromatin이 Tn5 transpose와 Protein AG에 의해 선택적으로 절단되고 시퀀싱 어댑터가 태깅되면서 반응 혼합물에서 직접 증폭되어 (Direct-to-PCR) 라이브러리 필요없이 높은 민감도로 크로마틴 시퀀싱을 진행할 수 있는 방법으로, PTM 매핑에 권장됩니다. EpiCypher의 CUT&Tag Kit은 세포에서 정제된 시퀀싱 라이브러리 준비에 필요한 모든 시약을 제공합니다. 최근 출시된 Version 2 제품은 프로토콜과 버퍼구성을 최적화하여 샘플 소실을 최소화합니다. CUT&Tag이 왜 필요한가요? 기존의 ChIP 기술로는 불가능한 단순화된 workflow가 필요할 때, High throughput 크로마틴 매핑 분석이 필요할 때, 세포수가 적을 때, 더 높은 해상도의 데이터가 필요할 때 유용합니다. CUT&Tag이 ChIP-seq이나 CUT&RUN에 비해 훨씬 빠른 이유는 무엇인가요? 세포 용해, 염색질 단편화 과정 없이 천연 세포에서 15분 안에 핵을 수확하여 자성 ConA 비드와 자석 랙을 통해 신속하게 세척과정을 수행할 수 있고, 시퀀싱 어댑터를 직접 추가함으로써 표준 라이브러리를 만들 필요가 없어 샘플 손실이 줄어듭니다. 8 strip tube에서 PCR mix와 indexing primer, tagmented DNA를 바로 증폭할 수 있어 시간이 단축되므로, 시간에 민감한 프로젝트의 경우 효과적입니다. ChIP-seq에 비해 CUT&Tag에서 더 적은 수의 셀을 사용할 수 있는 이유는 무엇인가요? ChIP-seq에서는 input 염색질을 준비하려면 cross-linking, chromatin sonication 이나 fragmentation이 필요하고, IP 단계에서 단편화된 염색질 pool에 항체가 추가됩니다. 항체가 표적에만 결합해야 하지만 IP 방법은 항상 off-target fragment를 생성하여, 시퀀싱에서 높은 백그라운드와